常見的胚胎停育的原因，包括以下幾個方面：

1 -遺傳因素
染色體數目多或者少（占86%），染色體結構缺失、倒位、易位等（占6%），其它如染色體鑲嵌現象及亞顯微染色體異常等（占8%）。這種染色體問題可能來源于胚胎自身或者來源于夫妻雙方。
2 -生殖道解剖結構異常
生殖道先天性異常較為常見的為子宮縱隔、鞍狀子宮、雙角子宮、雙子宮、子宮發育不良等。
后天獲得性異常常見的有宮頸機能不全、宮腔粘連、子宮肌瘤、子宮內膜異位癥和子宮腺肌癥等。
3 -內分泌因素
雌激素、孕激素及人絨毛膜促性腺激素是胚胎著床及發育所依賴的，內源性激素不足或內環境紊亂，血糖升高，胰島素升高等會滿足不了胚胎的需要或者影響胎兒生長環境。
4 -感染因素
包括全身感染和女性生殖道感染。菌血癥或膿毒血癥造成的全身感染可對妊娠期的胚胎或胎兒產生毒素作用或引發宮縮。
5 -免疫因素
自身免疫因素是母體產生自身抗體導致的，常見的有抗磷脂抗體，甲狀腺抗體。同種免疫因素是母體免疫系統對胎兒抗原發生了免疫識別，造成免疫不耐受，對胎兒進行免疫攻擊。
6 -不明原因
使用目前的檢查技術無法查出致病因素。
7 -環境因素
體重過重，會增加人體各個系統和臟器的負擔，引發高血壓、糖尿病等代謝性疾病及內分泌功能。
葉酸和維生素等營養缺乏也可以導致胎兒畸形發生流產。
職業接觸高鉛環境，孕早期每周從事電腦操作超過20h，工作環境中噪聲＞85dB，緊張壓力大均會增加流產風險。

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