人類在產生配子的過程會產生錯誤。由于卵子的質量與胚胎早期發育關系更為緊密，因此這個錯誤發生的概率與母親年齡有關。隨著母親年齡的增加，流產率在升高。研究報告顯示，母親的年齡為37歲是轉折點：高于37歲的婦女，成功受孕的概率降低，即使懷孕以后，流產風險也增高，可高達60%。

除了主要與胚胎的染色體有關外，還有大約10%的流產是跟免疫有關的。胚胎一半來自母親，一半來自父親。它要在母親的子宮內種植下來并存活，可不是一件容易的事情。因為人體有一套系統保護自己不受外來物質的侵害，我們醫學上叫做免疫系統，它只能識別自身產生的物質，遇到外來的物質是要當作敵人一樣排除掉的。這樣的免疫防護機制避免了我們受到病毒細菌的襲擊，使我們能夠保持健康。

也是因為我們人體自身的免疫功能，我們在輸血時只能輸跟自己血型相配的血，在器官移植的時候也是經過非常苛刻地配型成功后才能進行。在懷孕的過程中，胚胎有一半染色體來自父親，它若想在母親體內生存下來，一定要逃避掉母親的免疫排斥功能。我們體內有一套精確的機制來協調母體在特定的時間和位置可以允許胚胎種植在母體子宮內。但是當母親的免疫系統功能存在問題時，就容易把胚胎像敵人一樣排斥掉，這樣也會造成胚胎的流產。我們稱此類流產為免疫性流產。這是我們在進行助孕的過程中盡量避免的。

另外，還有10%~15%的流產與母體的子宮異常有關。例如子宮畸形、子宮縱隔、雙子宮、殘角子宮或者疤痕子宮等。根據子宮異常的嚴重程度，流產的時間也不一樣。如果問題比較嚴重，例如胚胎種植在子宮有疤痕的內膜上，可能導致較早期的流產;如果問題不太嚴重，可能會造成會中晚期流產，如果問題比較輕微，可能會導致早產。有些異常可以通過宮腔鏡進行診斷或手術治療。但是有些問題目前仍然難以解決。